تأثرت الحركة بأطروحات بدر الدين الحوثي أحد فقهاء المذهب الزيدي والمناهض للحركة الوهابية في اليمن، وكان قد ألف عددا من المؤلفات يتطرق لأفكارهم بالنقد وتحديدا على أحد أعلام الوهابية في اليمن مقبل الوادعي.[24][25][26] ويقول محمد بدر الدين الحوثي:[27]    حوثيون نحن لب الزيدية عقيدة وفكراً وثقافة وسلوكاً. ونسبة الزيدية إلى الإمام زيد بن علي عليه السلام هي نسبة حركية وليست نسبة مذهبية كما هي بالنسبة لأتباع الإمام الشافعي (رضي الله عنه) وغيره من أئمة المذاهب. ومن ادعى أننا خارجون عن الزيدية ـ سواء بهذا المفهوم الذي ذكرناه أو غيره ـ فعليه أن يحدد القواعد التي من خلالها تجاوزنا المذهب الزيدي وخرجنا عنه، ولكن بمصداقية وإنصاف    حوثيون وتنكر الحركة انتماءها للمدرسة الإثني العشرية فيقول محمد بدر الدين الحوثي: [28]    حوثيون أما من يدعي أننا إثنا عشرية فهو جهل واضح لأن لكل مذهب أصولاً وقواعد تميزه عن المذاهب الأخرى، ومن لم ينطلق من تلك الأصول والقواعد فليس تابعاً لذلك المذهب، وإن كان هناك قواسم مشتركة بيننا وبين الإثني عشرية فهي موجودة كذلك بيننا وبين بقية المذاهب كلها. فالذي يرى أننا اثنا عشرية بمجرد إقامة عيد الغدير، أو ذكرى عاشوراء أو نحو هذا فهو جاهل ومغفل لا يستحق النقاش معه    حوثيون اتهم عدد من فقهاء الزيدية (منهم مؤسسون لحركة الشباب المؤمن) الحوثيين بالخروج عن المدرسة الزيدية والإقتراب من الإثنا العشرية وأنهم من الجارودية وهو اتهام تشاركهم فيه الوهابية المعادية للحوثيين [29][30] اتهمهم محمد بن عبد العظيم الحوثي بأنهم "مارقين وملاحدة وليسوا من الزيدية في شيء" وحكم عليهم بالردة والخروج عن ماوصفه "بمذهب آل البيت" [31] رد الحوثيون على هذه الاتهامات بأن قالوا أن الفقهاء الزيدية المعارضين لتوجهاتهم علماء سلطة [27] كانت صعدة أقوى مراكز الملكيين المدعومين من السعودية خلال ثورة 26 سبتمبر لا يعني ذلك إلتقاء الوهابية مع الزيدية أو تعاطفا معهم . بعد ماسمي بالـ"مصالحة الوطنية" عام 1970 بين الجمهوريين والملكيين أدرك آل سعود أن اليمن جمهورية ولن يعود لمربع الملكية من جديد فرأوا في نشر المذهب الوهابي وسيلة للإبقاء على نفوذ لهم في اليمن [32] وتم إنشاء مدرسة "دار الحديث" في دماج على يد مقبل الوادعي الذي عاش وتتلمذ في السعودية[32] معظم السلفيين تحالف مع الإخوان المسلمين في اليمن وشكلوا ماعرف لاحقاً بحزب التجمع اليمني للإصلاح وعمل الحزب على قمع الزيدية ونشر السلفية في تلك المناطق فكانت بداية حرب باردة بينهم وبين حزب الحق ومايتبعه من تنظيمات أخرى حتى بلغت الحرب ذروتها أول اشتباك بين الحكومة اليمنية المقربة من حزب التجمع اليمني للإصلاح المرتبط بالسعودية وبين جماعة الشباب المؤمن عام 2004 [32] في منتصف شهر مايو 2013 قام طلاب مرتبطين بحزب التجمع اليمني للإصلاح بطرد المرتضى المحطوري ، أحد أعلام الزيدية في اليمن من جامعة صنعاء بزعم أنه أساء لصحابة النبي محمد[32] صعدة منطقة فقيرة واستفادت عائلة الحوثي الزيدية من البؤس الذي يعيشه السكان لايجاد حركة تمرد مسلحة قادرة على خوض حروب العصابات وفقا لجوست هيلترمان من مجموعة الأزمات الدولية[33] :    حوثيون التمرد الحوثي هو ردة فعل على حكومة فاشلة أكثر من كونه حركة فكرية منظمة. بالتأكيد هناك عامل أيدولوجي عند القيادات وبعض المقاتلين ولكن معظم المنظمين لجماعة الحوثي لا يبدو أنهم يحملون أهدافاً وطنية أو عالمية. الحوثيين ليسوا مجرد زيدية بطموحات كبيرة، بل نجحت قيادات الجماعة في الظهور بمظهر المدافع ضد استبداد الحكومة اليمنية